「機械」「魂」「悲劇」を材料に造りだされる悲しき悪性兵器「AKUMA（アクマ）」。AKUMAの製造者で世界終焉への計画を進める「千年伯爵」。そして、唯一AKUMAを破壊できる神の結晶「イノセンス」に選ばれた存在である、「エクソシスト」達。主人公・アレン・ウォーカーもその一人であった。
アレンは世界とAKUMAに縛られた魂を救うべく、仲間と共に長く険しい戦いに身を投じていく……。
「黒の教団」関連
黒の教団
世界の終焉を阻止するためヴァチカンの命によって設立された直属の対AKUMA軍事機関。黒の教団に所属する者はヴァチカンの名においてあらゆる場所への出入りが許可されており、任務で生じる費用は（たとえそれが修理費用でも）全て教団が支払う。本部は断崖絶壁に位置していたが、ルル=ベルによる襲撃により壊滅寸前まで追い込まれたため、ロンドン付近に移動した。関係者はここを住居・拠点として活動しており、「ホーム」とも呼ばれている。アジア、オセアニア、中東、アフリカ、北アメリカ、南アメリカに支部がある。
大元帥
黒の教団において最上級である階級者。元帥と室長に命令を出す権限を持つ。適合者か否などの詳しい詳細は不明。5人存在している。
室長（正式名は「黒の教団本部長代行監理官兼中央統合参謀司令室室長」。）
教団の頭脳というべき役職でサポート派の頂点。エクソシストにも指示を出す。現在はコムイ・リーがその地位にある。Lv4によればその重要性はエクソシストにも匹敵するらしい。
科学班（インテリ）
黒の教団第1班。エクソシストや探索部隊が活動するのに必要な武器や道具、団服の作成などを行う（ただし、仕事そっちのけで妙な道具や薬品を創り、それにより大きな問題を起こすこともある。）。それぞれの専門に秀でた者が多い。地質学や植物学に長けた者もいる。たとえばリーバー班長であれば、化学・数学・言語学が専門分野である。
本部移転の際に、中央庁や各支部から人員が補充され三班に増え、必要とあれば、方舟を使い現地に派遣される。
探索班
黒の教団第2班。ここに所属する班員を探索部隊（ファインダー）と言う。世界中の情報収集を担当。イノセンスによる奇怪が起きていると思われる場所に赴き調査活動を行う。最も死亡率が高い職業である。
医療班
黒の教団第3班。エクソシスト・ファインダー等の治療を担当する。婦長、ドクターが中心となっている。
通信班
黒の教団第4班。エクソシスト・ファインダーからの通信を担当する。
警備班
黒の教団第5班。黒の教団の警備全般担当。主に門や水路など出入り口となる箇所を警備。アレスティーナ（門番）もここに該当。
対外調整班
黒の教団第6班。外交活動担当。本編にその班員は未だ出てきていない。
総合管理班
黒の教団第7班。事務・雑務担当。料理長・ジェリーもここに該当。
協力者（サポーター）
世界各地の教団支部に所属して、普段は民間人として活動しながら裏で黒の教団の活動を支える。アニタやマホジャがそれに当たる。
監査役
ヴァチカンから監査の為、黒の教団内に出向してきている人間。ルベリエなどがそうである。
「エクソシスト」関連
エクソシスト
黒の教団に所属するAKUMA退治を専門とする黒の聖職者（クラーヂマン）。アレン入団時は19人が所属していた（作中で死亡や新規入団による変動が激しく、最大でイノセンスの数だけ一度に存在する為、今後どのようになるのかはいまだ不明である）。全員黒の団服（コート）を着用している。胸にはエクソシストの証であるローズクロスがある。
「エクソシスト」とはあくまで黒の教団に所属する事によって呼ばれる名称である。
通常は適合者不明のイノセンスを持つ元帥によって発見されるが、ごくたまにすでにイノセンスを所有している適合者も居る（ミランダやアレン、クロウリー）。戦力確保やハートの保護などの事情で適合者は発見しだい教団本部へと出向する事になり（過去には拉致に近い状態で、強制的に連れて行かれた場合もある。）、改めて適合者と認定された時初めて名乗る事が許される。
劇中、姿が判別している限りのエクソシストは以下の通り。イノセンスのタイプについては原作を基準として表記、名称未定の者は【】内部にて外見の特徴を記載。D.Gray-manの登場人物の登場順にて掲載。
寄生型タイプ
アレン・ウォーカー…【左腕】→『神ノ道化（クラウン・クラウン）爪型(エッジ)』→『神ノ道化 退魔ノ剣』
アレイスター・クロウリー三世…【歯】
マリア(本名不明)…『聖母ノ柩（グレイヴ・オブ・マリア）』
スーマン・ダーク…【右腕】
ヘブラスカ…『石箱（キューブ）』
クラウド・ナイン[1]…『ラウ・シーミン』
装備型タイプ
神田ユウ…『六幻（ムゲン）』
ラビ…『鉄槌（テッツイ）』
クロス・マリアン…『断罪者（ジャッジメント）』（１７巻まで）
ブックマン…『天針（ヘブン・コンパス）』
ミランダ・ロットー…『刻盤（タイム・レコード）』
ノイズ・マリ…『聖人ノ詩篇（ノエル・オルガノン）』
デイシャ・バリー…『隣人ノ鐘（チャリティ・ベル）』
フロワ・ティエドール…『楽園ノ彫刻（メーカー・オブ・エデン）』
ウィンターズ・ソカロ…『神狂い（マドネス）』
チャオジー・ハン…【腕輪】
結晶型タイプ
リナリー・リー…『黒い靴（ダークブーツ)』
タイプ不明あるいは未確認
ティナ・スパーク…【不明】
グエン・フレール…【不明】
ソル・ガレン…【不明】
ケビン・イエーガー…【鎖】（アニメのみの設定）
カザーナ・リド…【ボウガン】（アニメのみの設定）
チャーカー・ラボン…【剣】（アニメのみの設定）
元帥
イノセンスとの同調率が100%を越えた「臨界者」のみが名乗ることができる高位エクソシスト。普段は教団を離れて単独で任務に当り、その任務と同時に世界のどこかに居る適合者を探すため世界を回っている。殉職したイエーガーを除けば、ティエドール・クロス・ソカロ・クラウドの四人が現在の元帥。通常は定期的に教団と連絡を取り合う。
元帥となる者は「臨界者」である事が絶対条件となっている（アレンも新たな臨界者となったので、元帥となる資格がある）。
ゴーレム（黒の教団側）
教団で登場するのは、科学班によって作られる機械を内蔵したタイプ。エクソシストは任務遂行のサポートのため、本部を含めた遠距離への無線通信が可能なタイプのゴーレムを各自1体与えられている。電話回線を通じた遠距離通話も可能だが、教団本部への通信はそのゴーレムの所有者のみに制限され、10km圏内ならゴーレム同士で居場所が辿れる。教団本部の周囲には監視カメラの役割を備えたゴーレムが多数飛んでいる。
アレンの所持するティムキャンピーは本来クロス・マリアンと『契約』したゴーレムとなっており、映像記録機能を持つ他、粉々になっても再生できるなど従来のゴーレムとは製造法が違うものと思われる。機械を内蔵せず自然物のみで構築されている為、機械通信機能等を内蔵するほかのゴーレムや各教団への連絡手段を持たないがアレンの耳をかじったりするなど、明確な意志を持っていると思われる
ネオコ ダーリン ビザン じゅうも リューマ しゃかとう バウン シミュ クロレ スクウィ チンキキ バニリン ドレミ 喜びの泉 レプトン デニン プレス インビボ 太陽の記憶 スイーター スリーパー タイア レジャ リアシ リッター パール ブース ミクロ シネマイ ハーフ ブラック ゼニア シャンペン ひだまり ユーラ オービ キシロ みそぎ パドバ 太秋柿 ガールフ カーボン ケルベ ステゴドン プロト セラピー ショーウ サーチリス ラフト ラゲージ
団服（コート）
左胸に十字架の紋章（ローズクロス）が入ったコート。エクソシストと教団支部長クラス以上の幹部職員のみが着用を許される。
基本的なデザインコンセプトは同一だが細部は各自の好みで異なる（アレンのコートにフードが付いている等）。エクソシストのコートは黒地に銀の装飾、元帥は金の装飾。対して幹部職員や探索部隊のコートは白地である。室長はそれにローズクロスがついている。エクソシストの団服は戦闘の際の守りを考慮した構造。そのために重かったものが作中でリニューアルされ、軽量化された。首飾りとしてセットで支給されるボタンの裏には持ち主の名前が彫られている。